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	<title>Sparna Blog &#187; semantic media wiki</title>
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	<description>Web de données &#124; Architecture de l&#039;information &#124; Accès aux connaissances</description>
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		<title>Gephi pour visualiser des graphes RDF</title>
		<link>https://blog.sparna.fr/2015/04/22/gephi-visualiser-des-graphes-rdf/</link>
		<comments>https://blog.sparna.fr/2015/04/22/gephi-visualiser-des-graphes-rdf/#comments</comments>
		<pubDate>Wed, 22 Apr 2015 15:24:22 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[Thomas Francart]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[Open Data]]></category>
		<category><![CDATA[RDF]]></category>
		<category><![CDATA[SPARQL]]></category>
		<category><![CDATA[Triplestores]]></category>
		<category><![CDATA[Visualisation de données]]></category>
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		<category><![CDATA[semantic media wiki]]></category>
		<category><![CDATA[tourstech]]></category>

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		<description><![CDATA[<p>RDF est un modèle de données en triplets (sujet; prédicat; objet) qui, pris ensemble, forment un graphe. Et les triplestores RDF sont les bases de données qui permettent de stocker, manipuler et requêter ces graphes. RDF un modèle de données &#171;&#160;bas niveau&#160;&#187;, l&#8217;équivalent du modèle relationnel pour les bases de données relationnelles &#171;&#160;classiques&#160;&#187;; c&#8217;est pourquoi&#8230;</p>
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]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;"><a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Resource_Description_Framework" target="_blank">RDF</a> est un modèle de données en triplets (sujet; prédicat; objet) qui, pris ensemble, forment un graphe. Et les <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Triplestore" target="_blank">triplestores RDF</a> sont les bases de données qui permettent de stocker, manipuler et requêter ces graphes. RDF un modèle de données &laquo;&nbsp;bas niveau&nbsp;&raquo;, l&rsquo;équivalent du <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Mod%C3%A8le_relationnel" target="_blank">modèle relationnel</a> pour les bases de données relationnelles &laquo;&nbsp;classiques&nbsp;&raquo;; c&rsquo;est pourquoi j&rsquo;ai toujours pensé que <strong>pour un utilisateur final, visualiser le contenu d&rsquo;un graphe RDF &laquo;&nbsp;brut&nbsp;&raquo; a autant de sens que de visualiser le contenu des tables d&rsquo;une base relationnelle &#8211; à savoir pas beaucoup</strong>; il y a souvent plein de colonnes ou de tables dans les données qui n&rsquo;ont aucun sens pour l&rsquo;utilisateur final, qui attend une représentation de ses informations &laquo;&nbsp;actionnable&nbsp;&raquo; et compréhensible pour son besoin.</p>
<p style="text-align: justify;"><span id="more-940"></span></p>
<p style="text-align: justify;">On trouve pourtant tout un tas de projets ou de logiciels pour visualiser des graphes RDF natifs : <a href="http://semweb.salzburgresearch.at/apps/rdf-gravity/" target="_blank">RDF gravity</a>, <a href="http://graves.cl/visualRDF/?url=http://graves.cl/visualRDF/" target="_blank">Visual RDF</a>, <a href="http://simile.mit.edu/welkin/" target="_blank">Welkin</a>, ou d&rsquo;autres qui sont listés <a href="https://semanticscience.wordpress.com/2010/02/17/visualisation-of-ontologies-and-large-scale-graphs/" target="_blank">ici</a>, <a href="http://answers.semanticweb.com/questions/1071/visualisation-toolkits-for-rdf" target="_blank">là</a>, ou bien encore <a href="http://answers.semanticweb.com/questions/13760/web-based-rdf-graph-visualization-tool" target="_blank">là</a> (voir également <a href="http://vowl.visualdataweb.org/webvowl.html" target="_blank">WebVOWL</a> pour la visualisation d&rsquo;ontologies OWL, donc sur un sujet un peu différent).</p>
<h2 style="text-align: justify;">Une cartographie des acteurs du numérique pour #ToursTech</h2>
<p style="text-align: justify;">Et pourtant je suis tombé sur une problématique où la visualisation des données natives d&rsquo;un graphe RDF avait vraiment du sens : représenter la <strong>cartographie des acteurs d&rsquo;un territoire</strong> ou d&rsquo;une communauté. En l&rsquo;occurrence la <strong>cartographie des acteurs du numérique en Touraine</strong>, dans le cadre de la <strong><a href="http://tourstech.co/" target="_blank">candidature de Tours au label #FrenchTech (#ToursTech)</a></strong>. On peut donner plusieurs représentations possibles de cet ensemble d&rsquo;acteurs :</p>
<ul style="text-align: justify;">
<li><strong>en graphe </strong>type<strong> réseau social</strong> (l&rsquo;approche que j&rsquo;explore ici, donc);</li>
<li><strong>en zones </strong>type<strong> TreeMap</strong> pour montrer les grandes masses (par exemple la <a href="/wp-content/uploads/2015/04/screenshot-treemap.png" target="_blank">répartition des entreprises par code APE en utilisant d3.js</a>);</li>
<li><strong>en courbes temporelles </strong>pour montrer des évolutions d&rsquo;indicateurs;</li>
<li><strong>en cartes géographiques</strong> pour visualiser les zones et les lieux dans l&rsquo;agglomération</li>
<li><strong>en arbres</strong> pour mettre en évidences des catégories d&rsquo;acteurs;</li>
<li>etc.</li>
</ul>
<p style="text-align: justify;">Dans notre cas les triplets RDF correspondent exactement aux liens entre les acteurs, et sont des relations du type &laquo;&nbsp;est adhérent de (une association professionnelle)&nbsp;&raquo;, &laquo;&nbsp;est fournisseur de&nbsp;&raquo;, &laquo;&nbsp;a un partenariat avec&nbsp;&raquo;, etc. Le besoin d&rsquo;avoir une représentation du réseau social des acteurs devient donc le même que celui de représenter le graphe RDF natif.</p>
<h2 style="text-align: justify;">Le résultat et quelques explications</h2>
<p style="text-align: justify;">Voici le résultat de cette cartographie (cliquez pour agrandir) (et jouer à &laquo;&nbsp;où est Charlie ?&nbsp;&raquo; en cherchant <a href="http://sparna.fr" target="_blank">Sparna</a> dans l&rsquo;image !) :</p>
<p><a href="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/carto-sans-noms-personnes-small.jpg"><img class="aligncenter size-medium wp-image-942" src="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/carto-sans-noms-personnes-small-300x260.jpg" alt="carto-sans-noms-personnes-small" width="300" height="260" /></a></p>
<p style="text-align: justify;"><em>(je précise que cette représentation est partielle, exploratoire, et ne se veut pas représentative de la réalité du territoire)</em></p>
<p style="text-align: justify;">Qu&rsquo;est-ce qu&rsquo;on y voit ?</p>
<ul style="text-align: justify;">
<li>des <strong>noeuds</strong> : organisations, personnes, lieux ou projets;</li>
<li>des <strong>liens</strong> : relations de type réseau social entre ces noeuds (&laquo;&nbsp;travaille dans ce lieu&nbsp;&raquo;, &laquo;&nbsp;participe à ce projet&nbsp;&raquo;, etc.); ces liens ne sont pas distingués par un label ou une couleur dans la cartographie, mais ils sont bien typés dans les données;</li>
<li>La <strong>taille d&rsquo;un noeud</strong> est fonction de son nombre de lien<strong>s</strong>;</li>
<li>La <strong>couleur d&rsquo;un noeud </strong>est fonction de sa &laquo;&nbsp;<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Centrality" target="_blank">centralité</a>&nbsp;&raquo; dans le graphe, c&rsquo;est-à-dire de sa proximité avec un maximum d&rsquo;autres noeuds dans le graphe (enfin c&rsquo;est ce que j&rsquo;en ai compris !);</li>
<li>Les <strong>noms des personnes ne sont pas affichés</strong> pour des raisons de confidentialité;</li>
</ul>
<p style="text-align: justify;">On met ainsi rapidement en évidence :</p>
<ul>
<li style="text-align: justify;">les <strong>acteurs majeurs de la communauté</strong>, soit en terme de &laquo;&nbsp;taille&nbsp;&raquo; soit en terme de positionnement dans le réseau (<a href="http://paloaltours.org/" target="_blank">PaloAltours</a>, la cantine numérique bêta de Tours, <a href="http://blog.coopaxis.fr/" target="_blank">CoopAxis</a> le PTCE qui marie numérique et innovation sociale, <a href="http://www.centre-tic.fr/" target="_blank">Centre &amp; TIC</a> association professionnelle au service du numérique, etc.) ;</li>
<li style="text-align: justify;">les <strong>liens qui les unissen</strong>t (&laquo;&nbsp;comment puis-je rentrer en contact avec telle personne ou telle organisation ?&nbsp;&raquo;);</li>
<li style="text-align: justify;">les <strong>communautés</strong>, qui sont plus apparentes si on partitionne le graphe et qu&rsquo;on colorie les communautés :</li>
</ul>
<p><a href="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/carto-sans-noms-personnes-partition-small.jpg"><img class="aligncenter size-medium wp-image-949" src="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/carto-sans-noms-personnes-partition-small-300x265.jpg" alt="carto-sans-noms-personnes-partition-small" width="300" height="265" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">D&rsquo;autres projets ont utilisé une approche et des outils similaires pour cartographier les acteurs d&rsquo;une communauté : l&rsquo;<a href="http://www.capdigital.com/ecosysteme/" target="_blank">écosystème du cluster CapDigital en île-de-france</a>, ou bien cette <a href="http://www.intelligence-economique-paca.fr/Actualites/Actualites/Le-Miste-sort-sa-cartographie-des-acteurs-de-l-intelligence-economique" target="_blank">cartographie des acteurs de l&rsquo;Intelligence Economique en PACA</a>.</p>
<h2 style="text-align: justify;">Le dispositif : Wiki sémantique + triplestore + Gephi / sigma.js</h2>
<p style="text-align: justify;">Le dispositif que nous avons exploré pour réaliser cette cartographie est en 3 parties :</p>
<h3 style="text-align: justify;">Le beurre : un wiki sémantique</h3>
<p style="text-align: justify;"><a href="https://semantic-mediawiki.org" target="_blank">Semantic Media Wiki</a> (que j&rsquo;avais <a title="Le wiki sémantique : solution de capitalisation des connaissances (structurées)" href="http://blog.sparna.fr/wiki-semantique-capitalisation-des-connaissances-structurees/" target="_blank">exploré précédemment ici</a>) nous donne une solution de centralisation des connaissances :</p>
<ol>
<li style="text-align: justify;"><strong>collaborative</strong>, avec toute la machinerie wiki (versionning des pages, pages de discussion, etc.)<strong><br />
</strong></li>
<li style="text-align: justify;"><strong>structurée</strong>,  puisque la solution Semantic Media Wiki et ses divers plugins permet d&rsquo;avoir des fiches à plusieurs champs, avec choix multiples, autocompletion, dates, etc.</li>
<li style="text-align: justify;"><strong>flexible</strong>, puisque le modèle de données et les formulaires de saisie peuvent évoluer au fil des besoins, et l&rsquo;outil est facile à prendre en main pour des utilisateurs non-experts, jugez plutôt  les formulaires de saisie avec assistance à la saisie :<a href="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/screenshot-formulaire-semantic-media-wiki.jpg"><img class="aligncenter size-medium wp-image-957" src="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/screenshot-formulaire-semantic-media-wiki-300x227.jpg" alt="screenshot-formulaire-semantic-media-wiki" width="300" height="227" /></a></li>
<li style="text-align: justify;"><strong>ouverte</strong> pour partager les données avec d&rsquo;autres territoires (important sur l&rsquo;aspect &laquo;&nbsp;mise en réseau des archipels territoriaux&nbsp;&raquo;);</li>
</ol>
<p style="text-align: justify;">C&rsquo;est cet outil qui est utilisé pour renseigner les fiches des acteurs du territoire et leurs liens. Ces liens sont de types :</p>
<ul style="text-align: justify;">
<li>liens formels ou contractuels : fournisseur de, client de, travaille pour ;</li>
<li>liens de collaboration : a un partenariat avec, adhère à telle association, participe ou porte tel projet;</li>
<li>liens géographiques : se situe dans tel lieu;</li>
<li>liens capitalistiques : a du capital dans;</li>
</ul>
<h3 style="text-align: justify;">L&rsquo;argent du beurre : une diffusion des données en RDF</h3>
<p style="text-align: justify;">Semantic Media Wiki c&rsquo;est bien, mais nativement on ne peut pas réutiliser les données en dehors du wiki. On le synchronise donc (via sa fonction d&rsquo;<a href="https://semantic-mediawiki.org/wiki/Help:RDF_export" target="_blank">export RDF</a>) avec un <a href="http://rdf4j.org/" target="_blank">triplestore RDF Sesame</a>, qui rend les données accessibles sur le web (via <a href="http://www.w3.org/TR/sparql11-query/" target="_blank">SPARQL</a>), permettant ainsi à d&rsquo;autres applications de tirer parti des données.</p>
<p style="text-align: justify;">On a donc une <strong>solution de capitalisation des connaissances PAR le territoire</strong> (wiki sémantique collaboratif) et <strong>POUR le territoire</strong> (diffusion des données pour leur réutilisation).</p>
<h3 style="text-align: justify;">Le sourire du crémier : Gephi pour exploiter les données</h3>
<p style="text-align: justify;">Le sourire du crémier : <a href="http://gephi.github.io/" target="_blank">Gephi</a> (et d&rsquo;autres applications) qui peuvent réexploiter les données saisies dans le wiki. En particulier Gephi dispose d&rsquo;un <a href="https://marketplace.gephi.org/plugin/semanticwebimport/" target="_blank">plugin d&rsquo;intégration à partir de SPARQL</a> (&laquo;&nbsp;Gephi Semantic Web Import Plugin&nbsp;&raquo; &#8211; Attention à la date de rédaction de ce billet le lien vers la <a href="https://wiki.gephi.org/index.php/SemanticWebImport" target="_blank">page de documentation de ce plugin</a> est cassé). Il devient donc possible de générer un visuel de notre réseau social à partir des données ainsi exposées.</p>
<p style="text-align: justify;">On peut même automatiser la génération du visuel (ce qu&rsquo;on a fait ici) avec un bout de Java grâce à l&rsquo;<a href="http://gephi.github.io/toolkit/" target="_blank">API Gephi (Gephi Toolkit).</a></p>
<p style="text-align: justify;"><strong>Mon retour d&rsquo;expérience sur Gephi est très positif</strong> : facile à prendre en main, intégration SPARQL aisée et sans bug, on peut générer assez facilement des rendus intéressants. Inconvénient : cela reste des images statiques, ca ne bouge pas et ce n&rsquo;est pas cliquable. Pour avoir quelque chose de plus interactif il faut se tourner vers <a href="http://sigmajs.org/" target="_blank">SigmaJS</a>. C&rsquo;est ce que l&rsquo;<a href="http://mwebius.com/" target="_blank">agence de communication Mwebius</a> a expérimenté :</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/screenshot-sigmajs.png"><img class="aligncenter size-medium wp-image-964" src="http://blog.sparna.fr/wp-content/uploads/2015/04/screenshot-sigmajs-300x173.png" alt="screenshot-sigmajs" width="300" height="173" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">Notez les options de sélection de ce que l&rsquo;on veut afficher sur la gauche. Tout cela est branché en direct sur les données exportées du wiki.</p>
<h2 style="text-align: justify;">Vous voulez utiliser les données ? pas encore&#8230;</h2>
<p style="text-align: justify;">La question de la licence des données récoltées pour ce travail de cartographie n&rsquo;étant pas encore tranchée (ouvertes ou pas ? dans quel périmètre), je ne peux malheureusement pas mettre ici les liens ni vers le wiki sémantique, ni vers le service SPARQL de diffusion des données &#8211; je le fais dès que l&rsquo;initiative #ToursTech a statué là-dessus, mais ce serait en tout cas <strong>un bel exemple de système d&rsquo;intelligence économique territorial collaboratif diffusant ses données en open data</strong>. Rien que ça ! En attendant si vous voulez en savoir plus laissez un message ici et suivez la <a href="http://tourstech.co/" target="_blank">candidature #ToursTech</a> !</p>
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